Vor der Küste Tokyos versammeln sich Ingenieure aus der ganzen Welt, um die Inbetriebnahme von „Pacific Buoy“ vorzubereiten, mit dessen Hilfe Überwachungskameras aller Polizeibehörden weltweit miteinander vernetzt und Gesichtserkennungssoftware getestet werden soll.

Unterdessen lädt Sonoko ihre Freunde auf eine Reise zur Walbeobachtung ein – Conan und die Detektiv Boys eingeschlossen. Als Conan erfährt, dass Gin von der Schwarzen Organisation einen Europol-Mitarbeiter ermordet hat, schleicht er sich aus Sorge auf ein Polizeischiff und infiltriert so die Einrichtung.

Dort sind die Vorbereitungen für die vollständige Aktivierung des Systems in vollem Gange, zumindest bis eine Ingenieurin von der Schwarzen Organisation entführt wird und ihnen so ein USB-Stick mit speziellen Informationen in die Hände fällt. Doch dem nicht genug, denn aus den Tiefen des Ozeans taucht eine weitere Gefahr auf.